Вы всегда должны сохранять спокойствие, когда вокруг вас жужжат пчёлы. Они не только являются важнейшими опылителями, но и если вы их разозлите, то они могут загнать вас в портал в другое измерение. Вы вряд ли увидите этот ценный совет по выживанию в документальном фильме Аттенборо, но именно так Марио и Луиджи попадают из Грибного королевства в странный новый мир Конкордию в первые минуты Brothership, и стала бы Nintendo лгать?

Как обычно в играх «Марио и Луиджи», братья-герои вскоре приступают к работе, чтобы разрешить кризис в незнакомой обстановке. На этот раз весь мир раскололся на плавучие острова, каждый из которых дрейфует по течению огромного мирового океана. Под руководством новой подруги Конни они вскоре путешествуют по Конкордии, решая проблемы на каждом острове и восстанавливая связь с единым источником энергии на центральном острове Шипшейп — острове в форме корабля, как ни странно, — и выслеживая таинственные силы, которые, возможно, и стали причиной раскола.